Император Николай II осуществил замысел отца и присвоил его имя всенародному музею русского искусства. В дополнительном постановлении говорилось «о представлении для сей цели приобретенного в казну Михайловского Дворца со всеми принадлежащими к нему флигелями, службами и садом». Вскоре началась перестройка дворцовых помещений для будущих музейных экспозиций. В положении о музее говорилось, что он основан в память императора Александра III, «имея целью соединить все, относящееся к его личности и истории его царствования, и представить ясное понятие о художественном и культурном состоянии России». Художественное собрание музея формировалось из разных источников — произведения поступили из императорских дворцов, Эрмитажа и Академии художеств, от коллекционеров. В собрание музея вошла и личная коллекция Александра III, а Николай II передал в дар музею знаменитую коллекцию князя Алексея Лобанова-Ростовского, выкупленную им у наследников князя. В музее можно было увидеть иконы Андрея Рублёва, картины Ильи Репина, Карла Брюллова, Василия Перова, Ивана Айвазовского и многих других выдающихся художников.